Первые сведения в источниках о Перхушкове, расположенном между Одинцовым и Голицыным, относится к последней четверти XVI в., хотя его история гораздо древнее. В XVI в. село принадлежало восьмой жене царя Ивана Грозного Марии Нагой, потом князьям Черкасским, с 1766 года – дворянам Яковлевым. Своим названием оно, вероятно, обязано воеводе Григорию Перхушкову, получившему здесь земли в середине XV в.
В 1458 г. великий князь Василий Темный отправил своих воевод князя Ивана Васильевича Горбатого, князя Семена Ряполовского и Григория Перхушкова с ратью в далекую Вятку, чтобы подчинить ее Москве. Но поход не удался. Вятчане посулили Перхушкову большие подарки, и он, видимо, с негласного одобрения своих товарищей во всем благоприятствовал жителям Вятки. В итоге время было упущено и войскам пришлось возвратиться обратно. И лишь в следующем году, когда великий князь послал других воевод, после продолжительной осады, вятчане "добили челом на всей воле великого князя".
В 1812 году в старинном усадебном доме Яковлевых в Перхушкове останавливался Наполеон, а название села попало в наполеоновские бюллетени. В период пребывания французов в Москве и их отступления в окрестностях села действовал партизанский отряд генерала И.С.Дорохова.
Перхушково упоминает А.С. Пушкин в «Истории села Горюхина», называя его «Перхуково». Л.Н. Толстой также упоминает и точно называет Перхушково в романе «Война и мир». Написал о Перхушково и С.Т. Аксаков в «Истории моего знакомства с Гоголем». В ХVIII-XIX вв. в Перхушкове была почтовая (перекладная) станция, до нее обычно провожали отъезжающих из Москвы на Запад. В 1840 году в Перхушкове прощался с московскими друзьями и Н.В. Гоголь, уезжавший лечиться в Италию. Провожали его С.Т. Аксаков, М.П. Погодин, М.С. Щепкин и другие.
Вот как эти проводы описывает в своих воспоминаниях С.Т.Аксаков: "На станции мы пообедали вместе, выпили за здоровье отъезжающих. Вскоре после обеда мы сели, по русскому обычаю. Гоголь прощался с нами нежно, особенно со мной и Константином. Он сел в тарантас с нашим добрым Пановым, и мы стояли на улице до тех пор, пока экипаж не пропал из глаз. Погодин был искренне расстроен, а Щепкин заливался слезами...".
В те времена имение Яковлевых можно представить по следующему описанию: «У дороги стояла каменная Покровская церковь с приделами Спаса Нерукотворного образа, Николая Чудотворца и Дмитрия Ростовского. Рядом находился двухэтажный господский дом, нижний этаж которого был каменный, а верхний - деревянный, окруженный службами и регулярным парком. В пруду водились щуки, пескари и мелкая плотва. У плотины пруда имелся деревянный мост. Крестьяне частью находились на барщине, а частью на оброке, занимаясь извозом».
Перхушково первой половины XIX в. связано также с именем А.И.Герцена. С 1816 г. оно числилось за тремя сыновьями Алексея Александровича Яковлева, деда Герцена. В "Былом и думах" он вспоминает о нем: "На полдороге мы останавливались обедать и кормить лошадей в большом селе Перхушково... Село это принадлежало сыну старшего братца... Запущенный барский дом стоял на большой дороге, окруженный плоскими безотрадными полями; но мне эта пыльная дорога очень нравилась после городской тесноты. В доме покоробленные полы и ступени лестницы качались; шаги и звуки раздавались резко; стены вторили им, будто с удивлением. Старинная мебель из кунсткамеры прежнего владельца доживала свой век в этой ссылке".
В августе 1830 г, здесь, в Перхушкове, Герцен узнал об июльской революции во Франции, А еще через несколько лет, задумав похищение своей невесты Натальи Александровны Захарьиной, он хотел венчаться с ней в каком-нибудь загородном месте. "Всего лучше просись в Перхушково, там есть церковь, там могу быть я смело", -писал он невесте. А в 1838 г., после венчания во Владимире, он с молодой женой заезжал сюда по дороге в Покровское, куда ехал в отцовское имение. Последний раз Герцен посетил Перхушково летом 1844 г.
После смерти Алексея Александровича Яковлева, последнего представителя рода, усадьба перешла к его бывшему крепостному Жилкину, ставшему впоследствии звенигородским купцом. Тогда в селе проживало 182 человека. К концу XIX в. имение переживает упадок, усадебный дом покупает артистка Малого театра Благово-Доброхотова. Дом был настолько ветхим и походил на руины, что по воспоминаниям современника в нем "водились не только грачи, но и совы". Новая владелица занялась восстановлением дома, но в XX в. он долгие годы не ремонтировался и его деревянная колоннада обрушилась.
В период Великой Отечественной Войны (Московская битва, 30.04.1941 – 20.04.1942 г.г.) в Перхушкове в непосредственной близи от линии боевых действий находился штаб командующего Западным фронтом Георгия Константиновича Жукова. Интересным Фактом является, что самый яркий военачальник Второй Мировой Войны Г.К. Жуков по мировосприятию был православным человеком. Он всю войну возил по фронтам Казанскую икону Божией Матери; всех его дочерей крестили; направляясь принимать в Москве в 1945 году Парад Победы, он перед выездом из Спасской башни Кремля, сидя на коне, перекрестился.
По данным 1890 г. село с 392 жителями являлось центром волости. Здесь располагались волостное правление и сельское училище. В конце XIX в. Перхушковская волость становится центром портняжного промысла. Большинство кустарей работало на московских торговцев готовым платьем.
Перепись 1926 г. застает в селе 166 хозяйств и 894 жителя. Имелись школа первой ступени, изба-читальня, больница, кредитное товарищество, сельсовет. В период советской власти здесь организуется колхоз, а затем Перхушково начинает приобретать характер дачной местности.
Лит.: Холмогоровы В. и Г. Исторические материалы... М., 1886. Вып. 3. С. 183-185; Подмосковные. М., 1946. С. 78-81.